学校法人「加計（かけ）学園」の獣医学部新設をめぐり、愛媛県と同県今治市の担当者が２０１５年４月、協議のため首相官邸を訪れた際、加計学園事務局長が同行していたことがわかった。また、面会の経緯を知る関係者は、官邸で対応したのが当時の柳瀬唯夫・首相秘書官（現・経済産業審議官）だったと朝日新聞に認めた。
この面会は、愛媛県と今治市が獣医学部新設を国家戦略特区に正式に提案する２カ月前にあたるが、その時期に、県、市だけでなく事業主体の加計学園が首相に極めて近い立場の首相秘書官と会っていたことになる。安倍晋三首相は国会で、県、市の特区申請は知っていたが、加計学園の獣医学部計画を知ったのは今年１月２０日だったと答えた。だが、その約１年９カ月前、首相秘書官の柳瀬氏が県、市の計画が加計学園と一体であることを認識していた可能性がある。