政府の国家戦略特区ＷＧが、加計学園の獣医学部新設に関する議事要旨に関し、冒頭部分の発言内容を書き換えていたことが七日、明らかになった。同日の民進党会合で書き換えの疑いが指摘され、ＷＧの八田達夫座長が記者会見で事実を認めた。安倍晋三首相は「ＷＧもすべて議事録を公開している」と加計学園選定の透明性を強調してきたが、議事要旨そのものの信頼性が揺れる事態となった。
八田氏によると、問題のヒアリングは二〇一五年六月、ＷＧが獣医学部新設を計画していた愛媛県などに行った。会議冒頭、内閣府の藤原豊審議官（当時）が「議事内容は公開でいいか」と尋ね、愛媛県は「非公開を希望する」と答えた。藤原氏が「（獣医学部新設を）提案したことは公開でいいか」と尋ねると、愛媛県は「はい」と答えた。
ところが、今年三月に公開された議事要旨では、藤原氏が「議事内容は公開でいいか」と尋ね、愛媛県が「はい」と答えたと記された。途中のやりとりを削除することで、実際は非公開を希望した愛媛県がその場で了承したとの内容に書き換えられた。
この問題を追及した民進党の会合では「議事要旨の改ざんではないか」「行政文書が信用できない」などの批判が相次いだ。内閣府は「県の了解を得て公表したが、議事要旨を見たほかの特区提案者が、非公開を求めたのに公開されたのかと萎縮する恐れがあった」と説明した。
公文書管理に詳しい長野県短大の瀬畑源助教は「実際の議論の内容を改ざんする行為であり論外だ。政府の情報管理や情報公開そのものを根本的に揺るがすことになりかねない」と指摘した。